在一项新的研究中，来自日本大阪市立大学、东京大学医学科学研究所和美国布莱根妇女医院的研究人员报告了复发性艰难梭菌感染（recurrent Clostridioides difficile infection, rCDI）患者粪便样本中的肠道细菌和病毒宏基因组信息。该综合分析揭示了rCDI中参与发病的细菌和噬菌体，以及它们对肠道菌群功能恢复的重要途径。相关研究结果于2021年2月9日在线发表在Gastroenterology期刊上，论文标题为“Functional Restoration of Bacteriomes and Viromes by Fecal Microbiota Transplantation”。

图片来自Gastroenterology, 2021, doi:10.1053/j.gastro.2021.02.013。

复发性艰难梭菌感染（rCDI）发生在肠道内，是由革兰氏阳性、形成孢子的厌氧菌--艰难梭菌---引起的，它的孢子附着在粪便上并由人从手转移到口腔中。正在接受抗生素治疗的患者尤其容易感染，这是因为维持健康肠道的微生物会受到抗生素的极大破坏。

粪便微生物群移植（FMT）被认为是一种有效治疗rCDI的替代疗法，这是因为它通过粪便移植用健康的微生物群替换受损的微生物群。然而，2019年报道了两起接受FMT后因抗生素耐药细菌感染而导致的死亡事件，这表明需要对FMT进行改造或采用替代品来解决围绕该疗法的安全问题。

在这项新的研究中，这些研究人员正面解决了这一挑战。利用他们在2020年报道的原始分析管线，他们从布莱根妇女医院成功进行FMT的9名rCDI患者的粪便样本中获得了肠道细菌和病毒宏基因组信息。他们揭示了参与rCDI发病的细菌和噬菌体，以及对肠道菌群功能恢复至关重要的途径。

通过揭示肠道中的细菌组（bacteriome）和病毒组（virome）是如何作为一个器官一起发挥作用的，这些研究人员能够展示FMT如何像用一个好的器官替换一个坏的器官一样安全。

论文共同通讯作者、大阪市立大学的Satoshi Uematsu教授说，“肠道微生物群绝对应该被当作一个器官来对待！FMT极大地改变了肠道细菌组和病毒组，应当会恢复肠道细菌和病毒功能。”

在后COVID-19的世界里，rCDI将成为更紧迫的国际疾病之一。毫无疑问，FMT是针对rCDI的重要治疗策略。Kosuke Fujimoto博士和Imoto Seiya教授说，“除了各种临床调查外，全面的宏基因组分析对考虑FMT的安全性非常重要。”（生物谷 Bioon.com）

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