肾透明细胞癌（clear cell renal carcinoma, ccRCC）是肾细胞癌中最常见和最具侵袭性的亚型。当前多种临床治疗策略，如靶向治疗和免疫治疗，仍然还无法很好地应对高度异质性的肿瘤微环境，所以在临床上并没有取得令人满意的治疗效果。深入刻画ccRCC微环境中的细胞组成和基因组调控特征对于我们理解肿瘤致病机理和开发新的治疗策略具有重要意义。

近年来，单细胞测序技术飞速发展，已经能够检测出单个细胞的基因转录表达和表观基因组调控等多种维度的信息。这种单细胞水平的多维度信息能够以更高分辨率和更广的视角来帮助解析组织发育和疾病发生发展的关键因素。最近，多个研究团队针对健康的肾脏组织，联合single-nucleus RNA-seq和single-nucleus ATAC-seq技术刻画了在肾脏发育过程基因表达和表观基因组调控的特征，并识别了驱动肾小管细胞分化和近端小管上皮细胞亚群转换的关键调控因子。然而，ccRCC的单细胞多维度视角目前还没有被打开。

2022年7月19日，西湖大学生命科学学院谢琦研究员和浙江大学医学院附属第二医院泌尿外科文甲明和王博涵课题组合作作为共通讯作者（谢琦课题组龙志林为本文第一作者）在 Cell Discovery 期刊上发表题为：Single-cell multiomics analysis reveals regulatory programs in clear cell renal cell carcinoma 的研究论文，对ccRCC在单细胞水平进行了多维度的探索。

该研究整合了single-cell RNA-seq（scRNA-seq）和single-cell ATAC-seq（scATAC-seq）数据，描绘了ccRCC的转录组和表观基因组图谱，识别了在肿瘤细胞和多种免疫细胞中发挥重要作用的调控因子，进一步阐明了ccRCC的异质性并发现了潜在的治疗靶点。

该研究对ccRCC患者的肿瘤组织进行了配对的scRNA-seq和scATAC-seq测序，分别获得了38097和21272个单细胞。通过单细胞数据分析，识别了多种淋巴细胞和髓系细胞亚群。联合ccRCC标志基因CA9和拷贝数变异特征，在两种数据类型中各鉴定出了一个肿瘤细胞群体。总的来说，免疫细胞是ccRCC微环境中主要的细胞群体（>70%）,肿瘤细胞只占不到10%。

图1：ccRCC的单细胞转录和染色质可及性图谱